Kostel je chráněnou památkou, kterou spravuje Římskokatolická církev.
Kostel stál původně uprostřed hřbitova na pravém břehu Bystřičky. Hřbitov zanikl a říčka změnila směr. První písemná zpráva o Bystřici z roku 1368 mluví o městečku, ve kterém byl jistě i farní kostel. Jeho věž měla cibulovitou podobu (slovanská architektura). Požár roku 1594 ve městě zachvátil také kostel a faru. Oba objekty byly opraveny. Roku 1744 zde nechal tehdejší majitel panství, František Antonín hrabě z Rottalu postavit kostel zasvěcený sv. Jíljí, k němuž původně přiléhala kaple sv. Kříže. Ta však roku 1789 vyhořela a již nebyla obnovena. V minulém století dostal kostel jehlancovitou věž vysokou 56 metrů (alpská architektura) a dnešní podobu. Postavil jej stavitel a sochař Tomáš Šturm z Holešova. Roku 1791 byly na věži první hodiny. V roce 1883 požár znovu zachvátil kostel i faru. Za Oliviera Loudona byl kostel dostaven a od té doby se nezměnil.
V kryptě kostela byl pochován Přemek z Víckova (zemřel 1581) jako jediný z vladařů na zdejším zámku. Na hlavním oltáři je umístěn bývalý Hostýnský obraz Panny Marie zvaný Rottalovský, po stranách jsou sochy Františka Paluánského a Antonína Poustevníka.